Touma est victime d’une mauvaise blague jouée par le destin : il dispose d’un don extraordinaire, celui d’annuler tout pouvoir surnaturel. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d’étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité pourtant incroyable ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui !

C’est peut-être cette malédiction qui lui fait croiser le chemin d’Index, une jeune nonne poursuivie par d’inquiétants magiciens. Étrange mélange de courage et de naïveté, Index a mémorisé 103 000 ouvrages de sorcellerie interdits pour le compte de l’Église. Fragilisée sans le savoir par les secrets qu’elle abrite, la jeune fille est sur le point de voir se refermer sur elle un piège mortel. Science ou magie, qui l’emportera ?

L'histoire se passe dans un monde dans lequel les super pouvoirs naturels dépassent la science et la magie dépasse la religion. La Cité Académique est habitée de 2.3 millions d'habitants dont 80% sont des étudiants qui font partie du programme de développement du cerveau. Suivez la civile Mikoto et son ami Kuroko gardienne de la paix et de l'ordre en tant que membres de Judgement.

Accelerator est un jeune étudiant déséquilibré sans aucune émotion en raison de son puissant pouvoir et des expériences traumatisantes dont il a été victime. Sa capacité ? Le Vector Change lui permettant de contrôler et manipuler à sa convenance tous les mouvements. (humains, pouvoirs, matières, etc…) A cause de ce pouvoir, il sera sans cesse en proie aux attaques des scientifiques qui veulent créer un Esper de Niveau 6 et ainsi surpasser les plus forts Espers existants de Niveau 5. Contre toute attente, Accelerator se lie d’amitié avec la petite et maladroite Last Order…